La variante Omicron du Covid domine en France à travers la sous-gamme BA5 et la BQ.1.1, qui ne cesse d’augmenter. Omicron est la variante la plus contagieuse de Covid. Quels sont les symptômes? Quelle est la période d’incubation ?

Apparue en Afrique du Sud en novembre 2021, la variante Omicron du coronavirus circule presque exclusivement en France en 2022, et plus généralement dans les autres pays du monde. Omicron possède plusieurs sous-gammes dont la BA.5 qui domine en France (92% des tests Covid en novembre). Parmi les sous-lignées BA.5, la détection de la sous-lignée BQ.1.1 continue d’augmenter, « mais à un rythme moins rapide qu’initialement, avec 32% des séquences interprétables », note Santé publique le 17 novembre. La sous-lignée BA.4 circule toujours et représente 4% des séquences interprétables. Omicron est la variante la plus infectieuse du Covid par rapport aux précédentes variantes préoccupantes ou COV (Alpha, Delta…). Et vous pouvez l’attraper deux fois – même si le risque de réinfection par Omicron est encore plus élevé si vous avez été précédemment contaminé par un autre variant (Delta…). Les symptômes les plus courants sont la fatigue, la fièvre, les maux de tête. Définition, période d’incubation, symptômes courants, infection, efficacité du vaccin, traitement… Tout sur la variante Omicron.

C’est quoi le variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’Organisation mondiale de la santé par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. Le Royaume-Uni, avec la Norvège et le Danemark, a été l’un des premiers pays d’Europe continentale à être touché par la variante Omicron. L’épidémie a débuté à Londres en décembre 2021 puis a gagné la France. Cette variante appartient à la ligne Pango B.1.1.529. « C’est une variante avec un grand nombre de mutations », expliquait le Dr Maria Van Kerkhove de l’Organisation mondiale de la santé le 25 novembre 2021. Parmi ces mutations spécifiques : la Deletion 69/70 et les substitutions K417N, S371L-S373P et Q493R.

L’apparition progressive de sous-lignes est un phénomène attendu.

Dans un avis de décembre 2021, le Conseil scientifique français rappelait que « la majorité des mutations sont observées sur la protéine Spike (environ 30), d’autres mutations sont également observées dans le gène de la protéine N et dans le gène NSP6, mutations qui pourraient avoir une effet sur le niveau de multiplication du virus ». Selon la Santé publique française, les trois principales caractéristiques d’Omicron sont sa forte transmissibilité, son échappement immunitaire et sa moindre sévérité. Le variant d’Omicron comprend les cinq sous-lignées BA.1, BA. 2, BA.3, BA.4 et BA.5. Au sein d’Omicron et au sein de BA.5, de nombreuses sous-lignées ont été définies. « Cette diversification génétique est un résultat normal de la circulation continue de cette variante, qui doit être suivie , explique cependant Santé Publique France dans l’analyse de risque des variants publiée le 5 octobre. Différents variants peuvent acquérir des mutations similaires et, si celles-ci confèrent un avantage concurrentiel (transmisibilité accrue, charge virale plus élevée, évitement de la réponse immunitaire), ces variantes pourraient se propager plus efficacement hlon. » La variante Omicron a été classée comme « préoccupante » ou COV par l’Organisation mondiale de la santé le 26 novembre 2021. Il existe trois types de variantes selon la classification de l’OMS : les COV (une variante préoccupante telle que Delta, Alpha, Beta, Gamma et Omicron) , VOI (variante à suivre) et VUM (variante sous surveillance comme la variante XD).

C’est quoi les variants BA4 et BA5 ?

Les sous-lignées BA.4 et BA.5 ont été identifiées début avril 2022. Ces deux sous-lignées, trouvées principalement en Afrique du Sud, sont assez similaires à BA.2 mais leur protéine Spike possède également la mutation L452R (qui était responsable de l’augmentation de la transmissibilité de la variante Delta) et c’est pourquoi ils sont étroitement surveillés par les autorités sanitaires. Mi-juin, la sous-ligne BA.5 est devenue majoritaire en France : BA.4 continue de circuler mais à des niveaux inférieurs.

Combien de cas du variant Omicron en France ?

COV Omicron domine actuellement en France. En octobre, il représentait 100 % des séquences interprétables en métropole. Au sein du VOC Omicron, le BA.5 est majoritaire (92% de progressions en novembre) depuis plusieurs mois maintenant. Une diversification génétique a été observée au sein d’Omicron et plus particulièrement au sein de BA.5, et de nombreuses sous-lignées circulent désormais côte à côte. En France métropolitaine, les sous-lignes BA.5 les plus détectées sont BQ.1.1 (32 % à fin octobre), BF.7, BA.5.2, BA.5.1 et BA.5.2.1. BA.4 (y compris toutes ses sous-lignes) continue de circuler mais à des niveaux inférieurs à BA.5 (4%).

Parmi les premiers cas recensés d’Omicron en France, un cas en Vendée, un autre dans le Haut-Rhin confirmé par l’ARS du Grand Est en décembre 2021, un cas en Ile-de-France, Seine et Marne déclaré par l’Ile- Agence Régionale de Santé de-France.

La charge virale diminuerait après 6 jours.

Combien de jours est-on contagieux avec Omicron ?

Selon l’étude de chercheurs japonais publiée en janvier 2022, les cas vaccinés d’Omicron seraient contagieux au maximum 10 jours après leur diagnostic ou le début de leurs symptômes. La quantité d’ARN viral (qui peut être considérée comme la « charge virale ») est maximale 3 à 6 jours après le diagnostic ou 3 à 6 jours après l’apparition des symptômes, puis elle diminue progressivement avec le temps. Selon des études rapportées par la Santé publique française, « Omicron est environ 3 fois plus transmissible que Delta ». Sa sous-ligne BA2 était « plus contagieuse (+30%) (que BA1, ndlr) » selon le professeur Arnaud Fontanet sur France Inter le 14 mars. La BA.5 l’est encore plus. « Omicron se réplique très rapidement dans les cultures primaires de cellules épithéliales nasales, encore plus que Delta, qui se réplique plus rapidement que tous les variants précédemment caractérisés », confirment des chercheurs britanniques dans une analyse publiée à la fin du mois de décembre. Sa transmissibilité augmenterait car il utilise une voie d’entrée supplémentaire dans les cellules : « Omicron est capable d’entrer efficacement dans les cellules de manière indépendante de TMPRSS2 (voie classique, ndlr), par la voie endosomale. Nous supposons que cela permet à Omicron d’infecter un nombre plus élevé de cellules dans l’épithélium respiratoire, lui permettant d’être plus infectieux à des doses d’exposition plus faibles, et une meilleure transmissibilité intrinsèque. » ont déclaré les scientifiques. D’autre part, il serait « moins susceptible de se répliquer dans les poumons » en réduisant la risque de maladie grave.

Quelle est la durée d’incubation d’Omicron ?

La période d’incubation de la variante Omicron est plus courte que celle des précédentes variantes du Covid originel : « Nous sommes face à une variante (Omicron, ndlr) qui dure (incubation, ndlr), avant que les symptômes n’apparaissent », qui est passé de 5 à 3 jours », a déclaré le professeur Yazdan Yazdanpanah du Conseil scientifique sur BFM-TV le 2 janvier.

Quels sont les symptômes du variant Omicron ?

Le bilan des symptômes observés chez les personnes atteintes d’Omicron provient de données de Santé Publique France et d’une étude anglaise publiée par The Lancet en avril 2022, qui a été réalisée sur plus de 60 000 volontaires. La présentation clinique des infections à Omicron différait de celle des variantes précédemment diffusées avec des formes moins sévères. Omicron provoque moins de détresse respiratoire que Delta car il affecte moins les poumons. Une étude suédoise a également mis en évidence des cas d’odynophagie aiguë chez des personnes contaminées par l’Omicron (douleur ressentie à la déglutition et mal de gorge).

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Quelle est la durée des symptômes ?

Selon les cas analysés par Santé Publique France, la durée moyenne des symptômes est de 4 jours chez les personnes infectées par Omicron, 3 jours chez celles vaccinées avec une dose de rappel. Cette durée est un peu plus longue pour les personnes contaminées par les lignées BA4 et BA5 : 7 jours en moyenne, selon les chiffres de Santé publique France.

Quels sont les risques de réinfection avec Omicron ?

.La variante Omicron se caractérise par une plus grande transmissibilité et une évasion immunitaire « significative ». « La fuite de la réponse immunitaire d’Omicron est également associée à des taux de réinfection plus élevés avec Omicron (suite à une infection précédente avec une autre variante) que pour les variantes précédemment diffusées », a noté Santé Publique France. Selon les données portugaises, une infection antérieure par BA.1 ou BA.2, en revanche, confère une protection significative contre l’infection par BA4 et BA5 mais diminue avec le temps.

Pourquoi ce variant s’appelle Omicron ?

Comme Alpha, Beta, Delta, Gamma… Omicron est le nom d’une lettre de l’alphabet grec (la 15ème), le système de nommage « le plus accessible à un public non scientifique » et « non stigmatisant » mis en place pour nommer Sars lignées génétiques -CoV-2, explique l’Organisation mondiale de la santé. L’alphabet grec compte 24 lettres. Les 13e et 14e lettres ne sont pas attribuées à une variante, l’OMS n’ayant pas encore précisé pourquoi.

Quelle est l’efficacité des vaccins ?

Surtout, la vaccination protège contre le risque d’une forme grave de Covid. Moins d’infections. Notamment avec la variante Omicron et sa sous-lignée BA5 qui est plus contagieuse et échappe davantage à l’immunité que ce soit après avoir contracté le Covid ou après vaccination. La durée de protection contre BA4 et BA5 serait de 5,5 mois après la troisième dose du vaccin contre 11,5 mois pour la souche index Covid (Wuhan). Les vaccins bivalents Covid ciblant le variant Omicron et la souche originelle Wuhan ont été autorisés en France à l’automne 2022, uniquement en rappel pour les personnes les plus à risque de formes sévères.

Quelle est l’origine du variant Omicron ?

La variante Omicron a été signalée pour la première fois à l’OMS par l’Afrique du Sud le 24 novembre 2021. La première infection confirmée connue par Omicron en Afrique du Sud provenait d’un échantillon prélevé le 9 novembre 2021. La variante Omicron a également été détectée au Botswana dans des échantillons prélevés sur 11 novembre 2021.

« L’efficacité des tests diagnostiques (PCR ou antigéniques) ne semble pas diminuée pour Omicron » confirmait Santé Publique France en juin 2022. La stratégie de dépistage a évolué en France pour se concentrer sur la recherche de mutations propres à chaque variant. A ce jour, les indicateurs suivis sont la présence de la mutation E484K (A1), la présence de mutations en position L452 (C1) et la présence d’une mutation associée à Omicron (del69-70 et/ou K417N et/ou S371L- S373P et/ou Q493R, D1).

Est-il moins dangereux ?

Le variant Omicron présente une sévérité moindre que les précédents variants Covid en partie du fait de l’efficacité d’un vaccin conservé contre les formes sévères. « Il n’y avait aucun signe d’inquiétude associé aux BA.4 et BA.5 » indique la Santé publique française dans l’analyse de risque des variants publiée le 5 octobre. Une étude récente au Royaume-Uni a montré que le risque d’aller à l’hôpital suite à un L’infection BA.4 ou BA.5 est similaire au risque d’infection BA.2. Toujours au Royaume-Uni, une autre étude n’a trouvé aucune différence dans l’efficacité des vaccins contre l’hospitalisation entre BA.2 et BA.5. En Afrique du Sud, une étude comparant les taux de mortalité lors des différentes vagues a montré un taux de mortalité de 7,1 % sur la période de circulation BA.4/BA.5, contre 10,9 % lors de la circulation BA.1/BA.2. La diffusion du variant Omicron a été associée à une réduction significative du taux d’hospitalisation par rapport aux autres variants, ce qui a permis de limiter son impact sur la santé publique. Cette diminution du risque résulterait du fait que le variant Omicron attaque les voies les moins pulmonaires. système. Omicron « donne des formes cliniques moins sévères car il se multiplie plus dans les voies respiratoires supérieures et moins dans les voies respiratoires inférieures, donnant moins de pneumonies (que Delta, ndlr) » a confirmé le professeur Arnaud Fontanet, membre du Conseil scientifique, sur BFM-TV lundi, 10 janvier.

Quels sont les traitements contre Omicron ?

Les traitements d’une infection par le variant Omicron ne sont pas différents d’une infection Covid classique (paracétamol pour les maux de tête, etc.). En revanche, les anticorps monoclonaux que l’on peut donner à certains patients ne semblent pas efficaces contre Omicron. « L’efficacité des anticorps monoclonaux est similaire entre BA.4 et BA.5, avec des pertes/gains d’efficacité par rapport à BA.2 pour certains anticorps/combinaisons » note Santé Publique France. Selon des analyses de chercheurs de l’Institut Pasteur publiées en décembre 2021 sur neuf anticorps monoclonaux utilisés en clinique ou en phase de développement préclinique, six perdent complètement leur activité antivirale, et les trois autres 3 à 80 fois moins efficaces contre Omicron par rapport à à Delta. Chez les patients français traités par Evusheld, la neutralisation sérique était réduite pour BA.2 par rapport à Delta et, de manière moins marquée, apparaissait plus faible pour BA.5 par rapport à BA.2. « Les niveaux de neutralisation ont diminué au fil du temps, à un rythme plus rapide pour BA.5 » informe Santé Publique France.

Incidence des symptômes, durée et risque d’hospitalisation chez les patients infectés par le SRAS-CoV-2 pendant les périodes de prédominance de la variante omicron et delta : une étude observationnelle prospective de l’étude ZOE COVID. 7 avril 2022.

Analyse des données disponibles sur une éventuelle réinfection par le SRAS-CoV-2 de la base SIDEP au 31 mars 2022. Données au 20 mars 2022. Santé Publique France.

Covid-19 : Premières estimations de la prévalence des variants Delta et Omicron chez les patients hospitalisés en AP-HP entre le 1er décembre 2021 et le 4 janvier 2022. 10 janvier 2022. AP-HP.

La variante SARS-CoV-2, Omicron, montre une réplication rapide dans les cultures épithéliales nasales primaires humaines et utilise efficacement la voie d’entrée endosomale. Thomas P. Peacock1. Département des maladies infectieuses, Imperial College London, Royaume-Uni, W2 1PG

Avis du Conseil Scientifique COVID-19 du 16 décembre 2021. 17 décembre 2021.

Mise à jour sur la variante SARS-CoV-2 Omicron (B.1.1.529). Santé publique française. 26 novembre 2021

Les autorités sanitaires françaises surveillent d’éventuels cas de personnes porteuses du variant Omicron sur le territoire français. Ministère de la Santé. 28 novembre 2021

Amélioration de la préparation à Omicron (B.1.1.529) : Note technique et actions prioritaires pour les États membres Siège de l’OMS 28 novembre 2021

Une nouvelle variante a été découverte dans plusieurs pays d’Afrique australe. Gouvernement.fr. 26 novembre 2021.

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Surveillance ciblée des médias COVID-19 au Népal. ORGANISATION MONDIALE DE LA SANTÉ. 26 novembre 2021.