La variante Omicron est toujours dominante en France. La situation est plus préoccupante en Chine : « L’émergence de nouveaux variants de fuite ne peut pas être totalement éliminée en raison de l’ampleur de l’épidémie et du risque zoonotique », prévient le COVARS.

[Mise à jour le 4 janvier 2023 à 18h57] La ​​souche originale de Sars-CoV-2 qui est apparue fin 2019 et s’est depuis propagée dans le monde entier mute régulièrement. Les premières variantes inquiétantes du Covid (VOC) sont apparues fin 2020. La variante Alpha s’est répandue pour la première fois en France et est devenue majoritaire en mars 2021. Les variantes Beta et Gamma ont également circulé au premier semestre 2021, mais en moindre quantité. La variante Delta est apparue en mai 2021 et est devenue majoritaire en France en juillet 2021. La variante Omicron est le dernier VOC (« variant of concern » en anglais ou « variant of concern » en français) à apparaître, fin novembre 2021 Elle est devenue majoritaire en 2022 et l’est toujours en janvier 2023, selon la dernière analyse de Santé publique France. Aujourd’hui, les scientifiques surveillent de près l’épidémie majeure de Covid en Chine depuis l’arrêt des mesures barrières « Zéro-Covid ». « Les données du graphe de séquençage disponibles dans la base de données internationale GISAID montrent la quasi-exclusivité des variants d’Omicron et la circulation de nombreux sous-variants d’Omicron BA.5 (principalement BF7, mais aussi virus BQ1.1 notamment), identiques à ceux circulant en France et en Europe en 2022 », indiquait le comité scientifique français COVARS dans un avis publié le 29 décembre 2022. Pour ces spécialistes, « les variants susceptibles d’apparaître en Chine dans ce contexte de profil immunologique différent entre les populations chinoise et européenne n’ont peut-être pas la caractéristiques d’échappement immunitaire qui leur permettent de se propager facilement dans la population européenne.Cependant, l’émergence de nouvelles variantes d’échappement ne peut pas être complètement éliminée en raison de l’ampleur de la maladie, du « risque épidémique et zoonotique ».

C’est quoi un virus variant ?

Tous les virus, y compris le Sars-CoV-2, évoluent avec le temps et mutent. Le potentiel de mutation des virus augmente avec la fréquence des infections (humaines et animales). La plupart des mutations passent inaperçues et ne modifient pas les effets du virus. Il peut même être moins contagieux. L’émergence de nouvelles variantes virales n’est donc pas inattendue pour les scientifiques, mais elles suscitent l’inquiétude lorsqu’elles confèrent au virus une augmentation de sa transmissibilité ou une capacité à échapper à la réponse immunitaire de l’hôte, a expliqué l’ECDC dans un document publié le 29 décembre 2020. Ces nouvelles souches ou « variantes » sont ensuite analysées et suivies de près.

VOC Omicron reste hégémonique en France et à l’international. Au sein de l’Omicron VOC, le BA.5 est majoritaire depuis plusieurs mois. À ce jour, il existe plus d’une centaine de sous-scores dans BA.5. Parmi eux, le trait de soulignement BQ.1.1 est le plus détecté. Représente (y compris tous les soulignés) 62 % des séquences de l’enquête Flash S48 (dernière semaine de novembre 2022), suivi de BF.7 (6 %), BQ.1 (5 %) et BA.5.2 (2 %) ) .

Le premier cas de la variante Covid – il s’agissait de la variante Alpha (anglaise) – en France a été confirmé par les autorités françaises le 25 décembre 2020, à Tours. C’était un homme de nationalité française résidant en Angleterre. Il est arrivé de Londres le 19 décembre, a été soigné à l’hôpital universitaire le 21 et a été testé positif. Le résultat du test suggérant le variant circulant au Royaume-Uni, un séquençage a été demandé au Centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires, qui a confirmé l’infection. La personne, asymptomatique au Covid19, était isolée à son domicile et se porte bien. Le premier cas associé à la variante Beta de l’Afrique du Sud vers la France a été confirmé dans un communiqué de presse du 31 décembre 2020.

Quel variant en Chine ?

Une vague épidémique due aux variants d’Omicron sévit en Chine depuis plusieurs mois, dont une grande vague en avril/mai 2022, suivie d’un plateau puis d’une vague de forte intensité depuis l’arrêt des mesures « Zéro-Barrière ». . La population a une faible immunité au virus. « Les données du graphe de séquençage disponibles dans la base de données internationale GISAID montrent la quasi-exclusivité des variants d’Omicron et la circulation de nombreux sous-variants d’Omicron BA.5 (principalement BF7, mais aussi virus BQ1.1 notamment), identiques à ceux circulant en France et en Europe en 2022 », rapporte le Comité Scientifique Français COVARS dans un avis publié le 29 décembre 2022. Les caractéristiques d’échappement immunitaire leur permettent de se propager facilement dans la population européenne, cependant, l’émergence de nouveaux variants d’échappement ne peut être totalement éliminée en raison de l’ampleur de la risque épidémique et zoonotique ».

Quelle est la liste des variants du Covid ?

« La grande majorité des virus se caractérisent par une évolution génétique constante, plus ou moins rapide selon les virus. Elle survient notamment après des mutations introduites dans son génome. Pour un virus comme le SARS-CoV-2, l’émergence de variants dans le temps est donc un phénomène attendu », rappelle Santé publique France. Les variants sont classés en trois catégories selon leurs risques : COV, VOI et VUM par l’OMS.

Variante préoccupante, ou VOC (« variant of concern ») : Une variante préoccupante du SARS-CoV-2 est une variante qui répond à la définition de la variante à surveiller (voir ci-dessous) et qui a été démontrée, grâce à un benchmarking, qui est associé à un ou plusieurs des changements suivants, qui sont d’une certaine importance pour la santé publique mondiale :

La variante suivante, ou VOI (« variante sous enquête » ou « variante d’intérêt ») : variante SARS-CoV-2 :

Le variant XBB

Le variant XBB est un recombinant de la sous-lignée Omicron BJ.1 (sous-lignée BA.2.10) et BM.1.1.1 (sous-lignée BA.2.75). XBB et ses sous-lignées circulent largement en Asie, notamment à Singapour, en Inde, en Malaisie et en Indonésie, et plus faiblement dans d’autres régions du monde. « Faible bruit en France métropolitaine » est détecté selon Santé publique France. Le XBB « se caractérise par une plus grande évasion à la neutralisation par les anticorps monoclonaux post-vaccination, post-infection et thérapeutiques », a indiqué l’agence dans l’analyse publiée fin décembre. Cependant, « XBB n’a été associé à aucun signe préoccupant en termes de présentation clinique ou de gravité. »

Le variant Omicron

La variante Omicron a été classée COV par l’OMS le 26 novembre 2021. Cette variante, moins virulente que les variantes précédentes, est beaucoup plus contagieuse. Elle est rapidement devenue dominante en France entre novembre 2021 et janvier 2022 pour remplacer complètement la variante Delta en 2022. Elle est toujours majoritaire en décembre 2022.

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Le variant BQ 1.1

La variante BQ 1.1 circule en France depuis octobre 2022. Au 1er décembre, cette sous-gamme Omicron BA.5 continuait d’augmenter en France avec 49% de séquences jouables.

C’est quoi les mutations L452 et K417N ?

En France, les laboratoires ne recherchent plus directement le variant lors d’un dépistage positif au Covid, mais la présence de mutations caractéristiques de tel ou tel variant. Actuellement, les indicateurs suivis sont la présence de la mutation E484K (A1), la présence de mutations en position L452 (C1) et la présence d’une mutation associée à Omicron (del69-70 et/ou K417N et/ou S371L-S373P et /ou ou Q493R, D1). Le crible C1 (lié à la mutation L452) a été utilisé lors de la circulation du variant Delta. Aujourd’hui, il correspond principalement aux sous-lignes Omicron BA.5 et, dans une moindre mesure, BA.4. La date:

► La proportion d’échantillons avec un résultat de dépistage compatible Omicron (D1) est de 99 %.

► Le taux de détection de la mutation E484K (A1) reste à des niveaux très bas (0,1 % des tests de dépistage).

► Le taux de détection des mutations en position L452 (C1) s’est stabilisé à des niveaux élevés (93% des échantillons).

► La détection de la mutation R346T, dont l’augmentation de détection avait été notée dans les analyses de risque précédentes, semble se stabiliser.

► Une dynamique de stabilisation similaire est observée pour les mutations K444T et N460K.

Quels sont les noms des variants du Covid ?

Le 31 mai 2021, l’OMS a décidé de renommer les principales variantes de Covid avec des lettres grecques (c’est-à-dire Alpha, Beta, Gamma…) et discriminatoires » avec les pays où elles sont apparues (comme on appelait la variante « anglaise », la variante « indienne »), a expliqué le responsable dans un communiqué. Ces nouveaux noms ne remplaceront pas les noms scientifiques existants (p. ). L’alphabet grec compte 24 lettres.

► Liste complète des noms de toutes les variantes de Covid

Les variants du Covid sont-ils dangereux ?

La mutation d’un virus ne signifie pas nécessairement qu’il est plus dangereux. Une mutation peut rendre un virus plus contagieux et donc causer plus de maladies sans être plus grave pour les personnes infectées. Cependant, plus il y a de cas, plus la pression hospitalière est importante et plus le taux de mortalité est élevé.

70% plus contagieux que Delta (données sud-africaines et écossaises)

5 fois plus de risque de réinfection que Delta

Réduction de 70 à 80 % du risque d’hospitalisation (données sud-africaines et écossaises)

Formes moins sévères que Delta

Quelle est la contagiosité des variants du Covid ?

Dans une analyse de risque liée aux variants émergents du SARS-CoV-2 réalisée avec le CNR des virus des infections respiratoires, Santé Publique France indique les risques de transmissibilité des variants Covid inquiétants par rapport à la souche initiale. Pour la variante Omicron, « des analyses internationales ont confirmé qu’Omicron a un taux de croissance jusqu’à 3,7 fois supérieur à Delta », rapportait Santé publique France le 5 janvier.

Quels sont les symptômes des variants du Covid ?

Selon les observations, les signes cliniques observés chez les personnes positives pour la variante du coronavirus ne différaient pas des signes observés avec le virus d’origine. Avec la variante Omicron, cependant, les experts ont signalé des formes plus bénignes de la maladie, des maux de tête, une fatigue intense, un rhume ou une grippe, et moins de formes graves, telles que la pneumonie, que celles observées précédemment.

La stratégie de dépistage des variantes a évolué au fil des virus observés. Santé Publique France et ses partenaires ont créé un dispositif de surveillance de l’épidémie de Covid-19 et de ses variantes. Le suivi de ce variant repose sur deux méthodes complémentaires : le dépistage et le séquençage. L’objectif du dépistage est d’identifier les mutations qui font suspecter certaines variantes connues dans les 24 heures environ suivant le diagnostic de l’infection. Les résultats parviennent à la Santé Publique en France via le système d’information SIDEP et permettent la production d’indicateurs permettant de suivre, de manière très réactive, la suspicion des principaux variants qui circulent sur le territoire. Le séquençage est la méthode de référence pour confirmer les variantes suspectées. Le but du séquençage est de caractériser avec certitude le type de variant responsable de l’infection.

Les vaccins sont-ils efficaces ?

La variante Omicron se caractérise par un avantage de transmission par rapport aux variantes précédemment en circulation, en particulier la variante Delta qui était prédominante lors de l’émergence d’Omicron. Cet avantage explique le remplacement rapide de Delta par Omicron observé dans le monde entier. Bien qu’une partie de cet avantage de transmissibilité soit intrinsèque à Omicron, qui présente également une plus grande stabilité dans l’environnement, un facteur important est l’évasion étendue de la réponse immunitaire d’Omicron. Cette fuite est associée à des taux de réinfection Omicron plus élevés que pour les variants précédemment en circulation. Des études in vitro ont démontré une séroneutralisation réduite d’Omicron par les anticorps post-vaccination et post-infection. Une « nouvelle diminution de la neutralisation des anticorps post-vaccination et post-infectieux » a été observée avec des underscores circulant fin 2022, comme le BQ 1.1, qui « pourrait contribuer à l’avantage concurrentiel » de cette variante, indique Santé publique France dans le analyse de risque des variantes du 16 novembre.

Analyse des risques dans les variantes émergentes du SARS-CoV-2. Mise à jour 14/12/2022. Santé publique française.

Principales sources d’information : OMS, mise à jour épidémiologique hebdomadaire 25/05/2021 et 01/06/2021 ; CDC américain ; ECDC, Teyssou et al. 2021, J Infect

Premières détections de cas de contamination au variant B.1.617 du SRAS-CoV-2, ministère de la Santé, 30 avril 2021.

Variantes du SARS-CoV-2. Bulletin d’information sur les épidémies. 31 décembre 2020. OMS

Stratégie pour contenir la propagation des variants du Sars-CoV-2 : renforcement spécifique dans les variants d’intérêt 20H/501Y.V2 et 20J/501Y.V3. DGS. 7 février 2021.

Avis du Conseil Scientifique Covid-19 « Entre vaccins et variants : une course contre la montre ». 12 janvier 2021.

Rapport 42 – Transmission de la lignée B.1.1.7 du SRAS-CoV-2 en Angleterre : aperçu de la mise en commun des données épidémiologiques et génétiques. Collège impérial de Londres. 31 décembre 2020.

La 2ème vague de Covid-19 en Afrique du Sud : Transmissibilité et briefing ministériel de la variante 501.V2, 18 décembre 2020.

Covid-19 : Une nouvelle variante du coronavirus est identifiée au Royaume-Uni. BMJ 2020; 371. 16 décembre 2020.

Suivi des changements dans le pic de SARS-CoV-2 : Preuve que le D614G améliore l’infectiosité du virus COVID19. Cellule. 20 août 2020.