Deux rats domestiques ont été infectés par le variant Omicron du SRAS-CoV-2 à la suite d’une personne infectée, rapportent des chercheurs français dans un article publié le 13 octobre 2022 sur le site d’édition bioRxiv. L’un des rongeurs a développé des symptômes graves.

Ces résultats ont été présentés par Xavier Montagutelli, Bérénice Decaudin, Étienne Simon-Laurière et des collègues de l’Institut Pasteur (Paris) et du centre hospitalier vétérinaire Advetia (Vélizy-Villacoublay). Cette observation montre que les rongeurs domestiques, et éventuellement sauvages, peuvent contribuer à la propagation du SARS-CoV-2 et à son évolution au sein de ces animaux.

La transmission d’homme à animal du coronavirus SARS-CoV-2 a déjà été signalée. Parmi les espèces animales touchées : l’eau, les visons, les chats, les lapins, les hamsters, les souris, mais aussi les cerfs de Virginie dans les états de l’Ohio et de l’Iowa aux États-Unis, ou encore les lions et les tigres du zoo du Bronx, mais aussi les couguars et les Lions. Dans un zoo de Johannesburg.

L’observation rapportée par des chercheurs français fait référence à un habitant de la banlieue sud de Paris qui, dans la première semaine de mai 2022, a développé un symptôme pseudo-grippal avec fièvre modérée, maux de tête, toux, difficultés respiratoires et fatigue.

Huit jours plus tard, ces signes cliniques ont disparu. Un test antigénique trois jours après le début des symptômes (J3) était positif, ainsi qu’un test RT-PCR deux jours plus tard (J5).

Cette personne avait deux rats domestiques. Une semaine plus tard, soit sept jours après le résultat positif du test PCR (J12), l’un des rongeurs, un rat mâle de trois ans, a développé des symptômes : prostration, détresse respiratoire. L’animal respirait la bouche ouverte et avait un flux de larmes rouges de ses yeux, appelé chromodacryorrhée. Ces écoulements de couleur rouge s’expliquent par la présence physiologique de porphyrine (un pigment biologique) dans les larmes chez le rat et une infection virale. Ce rat, également anorexique, éternuait fréquemment. Les deux rats étaient en contact étroit avec leur propriétaire, qui les caressait.

Le propriétaire du rongeur emmène son rat chez le vétérinaire (D12) qui constate que le rongeur présente des symptômes très sévères (détresse respiratoire et léthargie). Un échantillon de sang est prélevé sur le rat souffrant de douleurs intenses. L’état clinique du rongeur s’aggrave au cours des trois jours suivants. Ensuite, il est décidé d’euthanasier l’animal (J15).

Onze jours plus tard (J26), c’est au tour du deuxième rat d’éternuer, un mâle de six mois. Un échantillon de sang est prélevé sur le rongeur pour un test sérologique.

Le propriétaire est infecté par la variante Omicron du SRAS-CoV-2. En effet, la mutation K471N a été détectée dans le test PCR cinq jours après le début des symptômes et est retrouvée dans 100% du séquençage aléatoire réalisé par Omicron fin avril-début mai 2022, selon la Santé publique française. De plus, les données du Centre National de Référence (CNR) de la région Nord de la France indiquent que le variant Omicron BA.2 est actuellement dominant.

Des anticorps IgG et IgM contre la protéine de pointe (à la fois la souche ancestrale Wuhan et la variante Omicron) ont été détectés dans le sérum de deux rats domestiques. Ces rongeurs ont donc récemment été exposés au SARS-CoV-2. Selon les chercheurs, puisque les deux rongeurs étaient gardés en cage dans l’appartement de la personne infectée, sans contact avec d’autres animaux, leur infection par le SRAS-CoV-2 est probablement le résultat de contacts fréquents avec le propriétaire.

Bien que les premières variantes du SRAS-CoV-2 n’aient pas pu infecter les rongeurs, les choses ont changé au fil du temps à mesure que le virus évoluait dans la population humaine. Plusieurs variantes préoccupantes sont apparues et sont devenues capables d’infecter les rongeurs dans des conditions expérimentales. Cet élargissement de la gamme des espèces sensibles à l’infection (ce que l’on appelle le spectre d’hôtes) a été associé à l’apparition de changements dans la protéine de pointe, en particulier l’apparition de la mutation N501Y.

Extension du spectre d’hôtes aux espèces mortes

En mars 2021, ce groupe de chercheurs de l’Institut Pasteur a montré que les nouvelles variantes alarmantes du SRAS-CoV-2, contrairement aux souches originales de Wuhan, sont capables d’infecter des souris de laboratoire.

En décembre 2021, ce groupe a signalé que, contrairement à la variante originale du SARS-CoV-2 et à la variante Delta, les variantes Alpha, Beta, Gamma, qui portent la mutation N501Y, peuvent facilement infecter des souris de laboratoire. La mutation N501Y est localisée dans un domaine (RBD, receptor binding domain) de la protéine Spike, qui joue un rôle important dans la liaison au récepteur ACE2, point d’entrée du SARS-CoV-2 dans les cellules infectantes. Cet élargissement du spectre de l’hôte semble être dû à la présence de la mutation N501Y seule ou en combinaison avec des mutations supplémentaires de la protéine de pointe.

Les chercheurs de Pasteur ont alors montré qu’une souris infectée par le variant Beta pouvait non seulement infecter une souris par contact direct, mais que cette dernière pouvait infecter une autre souris de contact. Le variant Omicron présente également la mutation N501Y, mais également des modifications au niveau des acides aminés 493 et ​​498, qui sont des modifications courantes dans les souches de SARS-CoV-2 adaptées à la souris (obtenues après de multiples passages chez ce rongeur).

En novembre 2021, des chercheurs de l’Université de Hong Kong ont rapporté dans la revue en ligne EBioMedicine que les variantes Alpha (B.1.1.7, l’ancienne variante anglaise) et d’autres variantes avec la mutation N501Y (en particulier la Beta, l’ancienne variante sud-africaine ) et P.3 a été initialement détecté aux Philippines) ont acquis la capacité d’étendre leur spectre d’hôtes aux rongeurs.

Bien que les souris et les rats puissent être des animaux de compagnie, la plupart de ces espèces vivent à l’état sauvage et entrent souvent en contact avec les humains, ont déclaré les chercheurs de Pasteur. Or, les résultats présentés aujourd’hui montrent qu’une infection chez l’homme peut être transmise au rat dans des conditions naturelles. De plus, la chronologie des signes cliniques présentés par les deux rats domestiques montre que le premier rongeur infecté a infecté l’autre, donc similaire à ce qui a été observé avec des souris de laboratoire fin 2021.

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Rongeurs sauvages, réservoirs secondaires possibles

« La possibilité que les rongeurs puissent acquérir le SRAS-CoV-2 et transmettre le virus à leurs homologues soutient l’hypothèse selon laquelle les animaux sauvages pourraient devenir des réservoirs secondaires du SRAS-CoV-2, dans lesquels le virus pourrait évoluer différemment que chez l’homme », précisent les chercheurs. dire. .

Selon ces biologistes et biologistes moléculaires, les rongeurs devraient également faire l’objet d’une surveillance épidémiologique tant au niveau de l’interface entre l’homme et l’animal, que dans leur environnement, en l’occurrence dans les grandes villes et dans les zones rurales.

En effet, l’hypothèse d’une évolution différente du virus chez les rongeurs par rapport à celle observée chez l’homme a été proposée pour expliquer la détection de lignées atypiques de SARS-CoV-2 (dites « cryptiques ») dans les eaux usées.

En effet, des chercheurs américains rapportaient en février 2022 dans la revue en ligne Nature Communications qu’ils avaient détecté, avec une fréquence croissante, la présence de lignées SARS-CoV-2 non stockées dans la base de données dans les eaux usées de New York. virus séquencés chez l’homme. Ces lignées contiennent des mutations qui ont jusqu’à présent rarement été observées dans des échantillons d’individus infectés. Ces lignées semblent partager de nombreuses mutations avec la variante Omicron. Il s’avère que certaines de ces mutations sont susceptibles d’élargir le spectre de l’hôte, ayant été expérimentalement introduites dans des virus (pseudovirus) qui leur donnent la capacité d’infecter efficacement non seulement les cellules humaines, mais aussi les cellules de souris ou de rat exprimant le récepteur ACE2.

L’une des hypothèses expliquant la présence de ces lignées cryptiques dans la métropole new-yorkaise est que ces lignées virales proviennent d’un réservoir non animal hébergeant le SARS-CoV-2, très probablement de diverses espèces animales et notamment d’un « rongeur ». présence de qualité et continue dans les bassins d’eaux usées, mais le virus est également susceptible d’être excrété dans les égouts.

En fait, la piste de rongeurs à l’origine de la variante Omicron n’est pas nouvelle. En novembre 2021, des chercheurs de l’Académie chinoise des sciences de Pékin ont rapporté leur analyse de la séquence du génome d’Omicron dans le Journal of Genetics and Genomics (une revue de langue anglaise publiée à Pékin). Cela suggère que cette variante ne dérive pas de celles qui circulaient auparavant, mais qu’elle pourrait être d’origine animale. Selon eux, les mutations du RBD, le domaine de liaison au récepteur, sont remarquablement cohérentes avec celles qui favorisent l’adaptation de ce virus à l’environnement cellulaire. Dans ce scénario, l’ancêtre (ancêtre) d’Omicron aurait pu être transmis de l’homme à la souris, muté rapidement pour s’adapter à ce nouvel hôte, avant d’être retransmis à l’homme. Selon cette théorie, l’émergence d’Omicron ne serait donc pas le résultat de l’évolution possible du virus à l’intérieur d’un organisme humain immunodéprimé, mais plutôt le résultat d’une évolution de l’animal hôte, un an avant qu’il n’échoue à nouveau à migrer. chez l’homme (spillback).

En tout cas, les dernières données montrant la capacité des nouveaux variants du SARS-CoV-2 à infecter les rongeurs (souris, rats) soulignent l’urgence de renforcer la surveillance épidémiologique dans une approche One Health qui regarde l’humain. , la santé animale et environnementale comme faisant partie d’un tout. C’est un grand défi à la fois pour la pandémie actuelle de Covid-19 et pour celles à venir.

Marc Gozlan (Suivez-moi sur Twitter, Facebook, LinkedIn et sur mon autre blog ‘Le diabète dans tous ses états’, consacré aux mille et un aspects du diabète – déjà vingt quatre posts).

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